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Fusion of medical imaging and electronic health records using deep learning: a systematic review and implementation guidelines2021_Project/Multimodal 2022. 1. 21. 16:48
이번 포스트에서는 multi modal network를 구현하는 방법에 대해 이야기하도록 하겠다. 물론 fusion 방법은 연구자의 코딩 방식에 따라 달라지겠지만 대표적으로 사용하는 방법들은 오늘 다룰 논문에 잘 소개되어있다. Fusion of medical imaging and electronic health records using deep learning: a systematic review and implementation guidelines 1. Introduction 실제 사람과 같이 automated detection 및 classification 시스템은 의료 영상 데이터와 EHR(electronic health record)로부터의 clinical한 데이터를 같이 사용했을 때 더 좋은 성..
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Brain age prediction using fusion deep learning combining pre-engineered and convolution-derived features2021_Project/Multimodal 2022. 1. 17. 18:03
2021년에 시작하여 아직 진행 중인 프로젝트는 brain age prediction이다. 3D brain MR image로부터 CNN을 이용하여 brain age(=year)을 예측하는 이 프로젝트는 언뜻 보면 단순해보이지만, 여기에 어떠한 나만의 selling point를 집어넣어 acc를 효율적으로 더 높이는가를 생각하는것은 쉽지 않았다. 수많은 연구진들이 위와 비슷한 주제로 논문을 발표했으며 따라서 웬만한 아이디어는 이미 다 나와있었다. (전반적인 brain age prediction에 대한 연구 동향은 다른 포스트에서 다루도록 하겠다.) 그러던 도중, 우연히 학교 수업을 듣다가 multi-modal learning에 대한 간략한 이야기를 들었고 이를 내 프로젝트에 접목시키면 좋은 결과를 가져다 ..
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사용자계정 추가하기리눅스(Ubuntu) 2021. 12. 8. 15:38
- 새로운 사용자를 추가하는 방법 (adduser 사용하기) (1) compu 계정으로 로그인 (2) 터미널 접속 (3) sudo cp -v /home/compu/.bashrc /etc/skel/ (4) sudo adduser [사용자명] - 새로운 사용자계정에게 관리자권한 주기 sudo vi /etc/sudoers /etc/sudoers 파일을 열어 user privilege speccification 부분을 아래와 같이 수정해준다. #User privilege specification root ALL=(ALL:ALL) ALL [사용자명] ALL=(ALL:ALL) ALL - 새로운 사용자 계정 내에서 가상환경 만들기 Ubuntu 18.04.5 LTS , GPU a6000을 사용하고 있을 경우, cuda..
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Ubuntu(우분투) 재설치 방법(2)리눅스(Ubuntu) 2021. 12. 6. 20:56
2021.11.29 - [리눅스(Ubuntu)] - Ubuntu(우분투) 재설치 방법(1) Ubuntu(우분투) 재설치 방법(1) 최근 들어 갑자기 cudNN 에러가 다시 한번 발생했다. 저번에 만든 새로운 가상환경 (새로운 cuda, torch 조합이 들어간..) 이후에 별다른 라이브러리를 설치하거나 update를 해준 기억이 없는데 다시 버 deeplearning-hj.tistory.com 이번 포스트에는 본격적으로 우분투 (재)설치 하는 방법에 대해 설명하도록 하겠다. 2-2 우분투 재설치 방법 부팅 usb를 본체에 연결한 후 재부팅해준다. 이때 부팅시 bios 세팅으로 진입하여 부팅 우선순위를 변경해준다. bios 세팅으로 진입하는 방법은 보통 부팅 시 아래와 같이 화면에 나와있다. 나의 경우, ..
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Ubuntu(우분투) 재설치 방법(1)리눅스(Ubuntu) 2021. 11. 29. 18:28
최근 들어 갑자기 cudNN 에러가 다시 한번 발생했다. 저번에 만든 새로운 가상환경 (새로운 cuda, torch 조합이 들어간..) 이후에 별다른 라이브러리를 설치하거나 update를 해준 기억이 없는데 다시 버전문제가 발생했다고 해서 '혹시 나도 모르게 컴퓨터가 자동으로 업데이트가 되고 있나?'라는 의구심이 들었다. 확인을 해봤더니 역시나.. 내가 모르는 사이에 Ubuntu가 자동으로 업데이트되도록 설정이 되어 있었고 13일 토요일에 혼자 업데이트가 되어 기존 라이브러리들과 버전 충돌이 일어나게 된 것이다. 현재 상태에 맞는 새로운 버전을 찾는 것보다 linux 버전을 롤백하는 것이 더 빠르다고 생각했지만, 윈도우와는 다르게 리눅스는 롤백이 매우매우 위험하다고 한다. 따라서 이전 버전의 리눅스 환경..
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Markov Decision ProcessDeep Reinforcement Learning 2021. 11. 17. 20:55
랩실 언니의 작업을 이어받아서 하는 이번 프로젝트는 reinforcement learning을 이용한 object localization이다. supervised learning을 주로 접해본 나로는 각 state마다 정답 없이 보상만 주어지는 강화학습의 알고리즘이 신기했다. 기본적인 강화학습 알고리즘 공부를 하다 강화학습과 Markov Deicision Process (MDP)는 매우 밀접한 관계가 있음을 알게 되었다. 따라서 이번 포스트에서는 강화학습을 설명하기 앞서, Markov Decision Process가 무엇인지 먼저 간단하게 살펴보겠다. 1. Markov Process Random process (어떤 실험결과를 하나의 함수에 대응시키는 것으로, 하나의 값에 매핑하는 random varia..
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resample이란?전반적인 딥러닝 기법 2021. 11. 3. 20:41
mr, 혹은 ct image와 같은 3d data를 이용하여 딥러닝 알고리즘을 돌리다보면 매우 높은 확률로 memory error가 발생하게 된다. 충분히 작은 배치 사이즈를 사용하고, 모델 layer 개수도 줄이는 등 여러 작업을 해도 memory 에러가 발생한다면, 고려해볼 수 있는 또다른 방법은 바로 resize이다. resample은 crop과 약간 다른 개념을 가지고 있는데, crop은 직접적으로 image matrix를 잘라내기 때문에 FOV가 달라지지만 (일반적으로는 줄어들지만) resample을 하게 되면 pixel 혹은 voxel의 사이즈에 변화를 주는 것이기 때문에 FOV는 유지가 된다. 따라서 만약 나의 데이터가 모두 중요해 crop을 할 수 없는 상황이라면 resample해주는 것도..